Izručenje se desilo 12 godina pošto je Milošević održao veliki skup na Gazimestanu, i nepuna 4 mjeseca pošto je uhapšen u vili na Dedinju i sproveden u Centralni zatvor u Beogradu.

Na Vidovdan 2001. Beogradom se pronijela vijest da će Milošević biti izručen Hagu. Ispred Centralnog zatvora u Bačvanskoj ulici okupio se veliki broj njegovih pristalica koje su pokušale da spriječe izručenje. Vjerovalo se da će u tu svrhu biti formirana specijalna kolona vozila.

Međutim, Milošević je neopaženo prevezen u zatvorskoj marici u trenutku protesta na poljanu poznatu kao Banjički vis, gdje ga je čekao helikopter MUP-a Srbije.

Tu su ga sačekali predstavnici Haškog tribunala koji su pokušali da mu objasne zašto je uhapšen. On ih, međutim, nije ni slušao - samo je ušao u policijski helikopter AB-212 i odletio prema američkoj bazi "Orao" u Tuzli gdje je na pisti bivšeg vojnog aerodroma Dubrave već bio spreman transportni avion C-130 Herkules britanskog RAF-a kojim je Milošević prebačen u Hag.

Kao mit i danas se prepričavaju dvije rečenice koje je bivši predsednik SRJ navodno izgovorio pred izručenje – „Braćo Srbi, ’ajd’ zdravo“ i „Braćo Srbi, srećan vam Vidovdan“. Niko, međutim, do danas nije potvrdio da su ovo bile Miloševićeve posljednje riječi prije izručenja.

Fotografije odlaska Miloševića iz Beograda istog popodneva pojavile su se u jednim tadašnjim nedjeljnim novinama koje su štampale specijalni prilog. Tiraž je bio razgrabljen.

Voditeljka RTS-a pročitala je tekst: "Dobro veče, poštovani gledaoci, bivši jugoslovenski predsjednik predat je organima Haškog tribunala...".

Tadašnji predsednik Vlade Srbije Zoran Đinđić potom se obratio javnosti na vanrednoj konferenciji za medije, a nešto kasnije iste večeri tadašnja portparolka Tužilaštva Haškog tribunala Florans Artman potvrdila je da je Slobodan Milošević stigao u Hag i da je odmah prebačen u pritvorsku jedinicu u Sheveningenu.

Slobodan Milošević bio je prvi šef države koji je predat međunarodnom sudu, na osnovu Uredbe Vlade Srbije. On je 27. maja 1999. optužen za zločine protiv čovečnosti, kršenje zakona i pravila rata i genocid tokom ratova u Hrvatskoj 1991/1992. i BiH 1992/1995. i na Kosovu 1999. godine.

Novu optužnicu protiv Miloševića Haški tribunal podigao je 9. oktobra 2001. za ratne zločine u Hrvatskoj, a 23. novembra za genocid nad muslimanima i Hrvatima u BiH.

Preminuo je u zatvorskoj ćeliji u Sheveningenu 11. marta 2006. godine. Suđenje je završeno bez presude.