Prema svom domenu rada, Komisija za saradnju sa NATO savezom predlaže Savjetu ministara mjere i aktivnosti za realizaciju obaveza iz "Partnerstva za mir" i "Programa reformi BiH" i kontinuirano prati i analizira njihovo sprovođenje, te izvještava Savjet ministara.

Njen zadatak je da organizuje i rukovodi izradom godišnjih dokumenata Programa reformi u okviru saradnje BiH i NATO, koje treba da dostavlja Savjetu ministara na razmatranje i usvajanje, kao i da vrši stručno-konsultativne poslove i funkcionalnu koordinaciju aktivnosti institucija BiH involviranih u proces realizacije obaveza pomenutih programa i dokumenata.

Komisija za saradnju sa NATO sarađivaće sa drugim institucijama na nivou BiH i entiteta, kao i nevladinim organizacijama, sa nadležnim autoritetima iz sjedišta NATO u Briselu i NATO štaba u Sarajevu, sa Misijom BiH pri NATO u Briselu, kao i sa nadležnim institucijama drugih zemalja i međunarodnih organizacija.

Zadatak Komisije je i predlaganje projekata i programa koji su od posebnog interesa za saradnju BiH i NATO.

U procesu odlučivanja članovi Komisije nastojaće da sve odluke i zaključci budu donoseni konzenzusom, a u slučaju da ne bude postignut, većinom glasova prisutnih članova, uz obavezu da su u tu većinu uključeni glasovi najmanje dva predstavnika svakog konstitutivnog naroda, od čega je jedan glas predsjedavajućeg ili zamjenika predsjedavajućeg ove komisije iz reda svakog od konstitutivnih naroda.

U slučaju da se odluka ili zaključak ne donese u roku od 15 dana ni na taj način, u drugom krugu glasanja prilikom računanja većine, potreban je glas predsjedavajućeg ili zamjenika predsjedavajućeg ove komisije iz reda svakog od konstitutivnih naroda.

Komisiju za saradnju sa NATO savezom čine zamjenik ministra spoljnih poslova u Savjetu ministara Јosip Brkić, kao predsjedavajući Komisije, a njegovi zamjenici su zamjenik ministra odbrane za upravljanje resursima Mirko Okolić i sekretar Ministarstva odbrane Muhamed Smajić.

Članovi Komisije su zamjenik ministra odbrane za politiku i planove Mijo Krešić, pomoćnik ministra bezbjednosti za zaštitu tajnih podataka Mate Miletić, pomoćnik ministra spoljnih poslova za multilateralne poslove Almir Šahović, sekretar Ministarstva pravde u Savjetu ministara Željko Bogut.

Komisiju čine i šefovi kabineta ministra komunikacija i transporta Radivoje Pajić, ministra spoljnih poslova Denis Hadžović, ministra za ljudska prava i izbjeglice Mlađen Božović, ministra civilnih poslova Davor Bošnjak, te savjetnik u Kabinetu ministra finansija i trezora Ivica Dronjić.

Članovi Komisije za saradnju sa NATO savezom su i glavni inspektor u Ministarstvu spoljne trgovine i ekonomskih odnosa Milomir Hršum, šef Odsjeka za politički kriterijum i koordinaciju procesa stabilizacije i pridruživanja u Direkciji za evropske integracije Sabina Konjhodžić, pomoćnik direktora u Direkciji za ekonomsko planiranje Alida Sofić, šef Odsjeka za sprovođenje propisa u Regionalnom centru Mostar Uprave za indirektno oporezivanje BiH Božo Zovko, kao i šef Odjeljenja u Obavještajno-bezbjednosnoj agenciji BiH Mišo Kerleta.

U sastavu Komisije su i šefovi Odsjeka za NATO/"Partnerstvo za mir" u Ministarstvu spoljnih poslova Momir Brajić, te u Ministarstvu odbrane brigadir Siniša Ostojić, kao i viši stručni saradnik za NATO/"Partnerstvo za mir" programe u Ministarstvu odbrane pukovnik Ismet Kadić i savjetnik u Odsjeku za NATO i "Partnerstvo za mir" u Ministarstvu spoljnih poslova Alma Vražalica, koja je i tehnički sekretar Komisije.